Structuurwijzigingen en WBSO: een onderschat effect met directe financiële impact

De WBSO is een fiscale stimuleringsregeling voor ondernemingen die speur- en ontwikkelingswerk (S&O) verrichten. Voor ondernemingen met S&O-personeel leidt de regeling tot een vermindering van de af te dragen loonheffingen. De omvang van dit voordeel hangt mede af van het vastgestelde S&O-uurloon.

Een onderneming heeft bijvoorbeeld al jaren een eigen S&O-afdeling, maakt structureel gebruik van de WBSO en heeft lopende projecten waarvoor jaarlijks S&O-verklaringen worden afgegeven. Vervolgens vindt een structuurwijziging plaats waardoor bijvoorbeeld het S&O-personeel overgaat naar een andere bestaande of nieuwe entiteit. De technische werkzaamheden veranderen niet, de medewerkers blijven hetzelfde werk doen en ook de projecten lopen door en wijzigen inhoudelijk niet.

Er gaat op dat moment meestal nog geen signaal af dat juist deze wijziging bepalend kan zijn voor het WBSO‑voordeel. In de praktijk leeft bovendien vaak de gedachte dat dit (achteraf) wel met de RVO kan worden afgestemd, terwijl de RVO gebonden is aan de afgegeven S&O‑verklaring.

De oorzaak zit niet in de inhoudelijke WBSO-beoordeling, maar in de systematiek waarmee het S&O-uurloon wordt vastgesteld. Daardoor kan een bestaande S&O-organisatie door een wijziging van de “aanvragende entiteit” opnieuw worden behandeld alsof deze “nieuw” is.

In dit artikel lichten we nader toe hoe dit in de praktijk werkt en hoe daarmee om te gaan.

Waar het in de praktijk mis kan gaan

De WBSO wordt aangevraagd door de S&O-inhoudingsplichtige: kort gezegd de entiteit waar het S&O-personeel op de loonlijst staat. Bij een structuurwijziging kan dat veranderen. Denk bijvoorbeeld aan situaties waarin:

• een werkmaatschappij ophoudt te bestaan door een fusie of splitsing;
• het S&O-personeel wordt overgebracht naar een andere groepsmaatschappij;
• een nieuwe entiteit wordt opgericht waarin de S&O-activiteiten worden ondergebracht; of
• een bestaande entiteit neemt de S&O-activiteiten over, maar heeft zelf niet recent WBSO aangevraagd.

De organisatie ziet dit als een zuivere voortzetting: hetzelfde team, dezelfde kennis, dezelfde projecten. Voor de WBSO-systematiek is echter relevant welke entiteit de aanvraag doet en of die entiteit beschikt over een bruikbaar S&O-referentiejaar.

Het bepalen van het S&O-uurloon

Het WBSO-voordeel wordt bepaald door de zogeheten S&O-grondslag te vermenigvuldigen met de toepasselijke S&O-percentages. Die S&O-grondslag en S&O-percentages luiden anno 2026 als volgt:

• Stap 1: S&O‑grondslag
  (S&O‑uren × S&O‑uurloon) + (S&O‑kosten en ‑uitgaven óf forfaitaire opslag) = S&O‑grondslag
• Stap 2: Toepassing percentages
  36% over de eerste € 391.020;
  en 16% over het meerdere

In de eerste twee jaar dat een inhoudingsplichtige WBSO aanvraagt, wordt gerekend met een “forfaitair uurloon” van € 29 (vanaf 2027: € 33) om de S&O grondslag te bepalen. Dit komt doordat het S&O‑uurloon wordt gebaseerd op het gemiddelde loon van het S&O‑personeel in het referentiejaar (het tweede kalenderjaar voorafgaand aan het aanvraagjaar) en deze gegevens in de eerste twee jaren nog ontbreken. Aanvragers melden jaarlijks de burgerservicenummers (BSN’s) van de medewerkers die aan de S&O‑projecten hebben gewerkt. Op basis van deze loongegevens wordt het gemiddelde S&O‑uurloon bepaald dat in latere jaren wordt gebruikt bij de berekening van het WBSO‑voordeel.

Als een S&O-afdeling overgaat naar een entiteit zonder eerdere WBSO-aanvragen, wordt het forfaitaire uurloon toegepast, terwijl het feitelijke S&O-personeel en de werkzaamheden ongewijzigd blijven. Voor gespecialiseerd S&O-personeel ligt het werkelijke gemiddelde uurloon in de praktijk vaak hoger dan het forfaitaire uurloon. Het gevolg is dat hetzelfde aantal S&O‑uren leiden tot een lagere S&O‑grondslag en daarmee direct tot een lager WBSO‑voordeel.

Bedrijfsmatige gevolgen

Voor ondernemingen waarbij S&O geen structureel onderdeel vormt van de bedrijfsvoering, zal een tijdelijk lager WBSO‑voordeel doorgaans beperkt voelbaar zijn. Dat ligt anders bij ondernemingen met een structurele S&O-organisatie. Daar wordt het verwachte WBSO-voordeel vaak meegenomen in budgetten, projectplanning en personeelsplanning.

Een onverwachte terugval kan dan direct gevolgen hebben voor de beschikbare ruimte voor innovatie. Dat is relevant omdat het WBSO-voordeel in de praktijk vaak wordt meegenomen in budgetten, projectplanning en personeelsplanning. Juist daarom verdient het aanbeveling om de gevolgen voor de WBSO al voorafgaand aan een structuurwijziging in kaart te brengen, zodat financiële effecten niet pas achteraf zichtbaar worden.

Biedt omzetting van S&O-verklaringen een oplossing?

De Beleidsregels omzetten S&O‑verklaringen maken het mogelijk om, met een beroep op de hardheidsclausule, een S&O‑verklaring over te dragen aan een andere inhoudingsplichtige wanneer achteraf blijkt dat deze door de verkeerde entiteit is aangevraagd. Dit is bedoeld om te voorkomen dat een volledige correctie leidt tot terugbetaling van reeds genoten WBSO‑voordeel met mogelijk grote financiële gevolgen.

De regeling ziet nadrukkelijk op uitzonderlijke herstelgevallen en vormt geen algemene voortzettingsregeling bij reorganisaties. Het omzettingsverzoek wordt gedaan door de overnemende S&O-inhoudingsplichtige en ziet op de overdracht van de gehele S&O-verklaring: splitsing is niet mogelijk.

Dat is wezenlijk anders dan de situatie waarin een WBSO-aanvraag op het moment van indiening correct was, maar de onderneming pas daarna haar structuur wijzigt. Dan is er geen “verkeerde aanvrager” die moet worden hersteld.

Zelfs als omzetting formeel mogelijk zou zijn, wordt vervolgens beoordeeld welk voordeel de overnemende entiteit zou hebben gehad. Als die overnemende entiteit zelf geen bruikbaar referentiejaar heeft, is de uitkomst alsnog dat het forfaitaire S&O-uurloon wordt toegepast.

Dubbel nadeel: geen historisch uurloon, maar ook geen starter

Extra aandacht verdient de situatie waarin een entiteit door de structuurwijziging wel als “nieuw” uitpakt voor het S&O-uurloon, maar niet als starter kwalificeert voor het verhoogde starterspercentage. Starters ontvangen namelijk een hogere S&O-afdrachtvermindering over de eerste schijf van de S&O-grondslag (in 2026: 50% in plaats van 36%). Voor de WBSO wordt een inhoudingsplichtige als WBSO-starter aangemerkt indien in de vijf voorafgaande kalenderjaren ten minste één jaar geen inhoudingsplicht bestond. Daarnaast mag de inhoudingsplichtige in die periode maximaal vier kalenderjaren ondernemer zijn geweest. Een inhoudingsplichtige kan maximaal drie kalenderjaren als starter worden aangemerkt.

In verbonden verhoudingen kunnen eerdere S&O-verklaringen van andere groepsmaatschappijen meetellen bij de beoordeling of sprake is van een starter voor de WBSO-aanvraag. De wetgever heeft hiermee willen voorkomen dat ondernemingen door het verplaatsen van activiteiten binnen een concern steeds opnieuw gebruik kunnen maken van de startersfaciliteit. Daardoor kan een onderneming in de praktijk wél worden geraakt door het ontbreken van een eigen referentiejaar, maar niet profiteren van de compensatie die voor starters bedoeld is. Kort gezegd: wel geconfronteerd worden met een tijdelijk forfaitair uurloon, maar niet profiteren van de startersfaciliteit.

Wat moet vooraf worden getoetst?

Concluderend kan een bestaande S&O‑afdeling door een structuurwijziging tijdelijk worden behandeld alsof zij nieuw is, enkel doordat de entiteit waarin de S&O-activiteiten zijn ondergebracht wijzigt. Bij een voorgenomen fusie, splitsing, carve-out of interne overdracht van S&O-activiteiten hoort het inventariseren van de gevolgen van een structuurwijziging voor de WBSO daarom expliciet op de checklist:

• Controleer welke entiteit vóór en na de structuurwijziging S&O-inhoudingsplichtige is;
• Controleer of de nieuwe aanvragende entiteit beschikt over bruikbare S&O-referentiejaren; en
• Controleer wat het netto financiële effect is als tijdelijk met het forfaitaire S&O-uurloon wordt gerekend.

Hulp nodig? Newtone helpt je graag verder!

Ten slotte merken wij volledigheidshalve op dat een structuurwijziging niet alleen gevolgen kan hebben voor de WBSO, maar ook voor een lopende vaststellingsovereenkomst voor de Innovatiebox. Afhankelijk van de situatie dient de Belastingdienst tijdig te worden geïnformeerd.

Wilt u weten wat een voorgenomen structuurwijziging betekent voor uw toekomstige WBSO-voordeel of de aansluiting met de Innovatiebox? Of heeft u andere WBSO- en/of Innovatiebox-gerelateerde vragen? Neem dan gerust contact op met Esmée Reuhman via esmee.reuhman@newtone.nl of +31 (0)6 27 22 45 51.